谢邀
其实这又牵扯到了那个老问题，除了我们熟知的个体妖怪和妖怪种族，其他的神，天人，幽灵，妖精等等到底算不算妖怪。
如果不算，那就好办了，比如首先让有能力的如神奈子(或者莲妈神子)完全接管人类村落的信仰，然后逐一退治各大妖怪种族(天狗河童)和数量较少的妖怪小群体(吸血鬼，魔法使)以及个体妖怪，确保人类群体的安全和独立性，也就类似于神子所说的人类政权。
到这里以妖怪为主的社会体制基本就结束了，至少人类已经不在妖怪的“圈养”下了。如果想进一步建立人类为主的全幻想乡政权，那无非就是发展科技，用武力或外交手段获得话语权，然后逐步扩大自身权力和利益。这一步的话无非就是现实世界的那一套了，熟知国际政治或者《文明》系列玩家应该十分熟悉了。
当然以上也都仅局限于理论步骤，具体到实践上会出现什么问题，人类政权领袖是否有足够强大的个人能力，妖怪势力会不会联合抵抗或者暗杀人类领袖之类的都不在讨论范围之内了。
如果，题中“妖怪”是包括神，天人等等的广义概念，那就比较难办了。
在上述条件中，人类的势力仅限于人类村落，其他包括守矢神社的巫女神明和神子的道士势力都不能算作是纯粹的人类。
我们就假定人类势力领袖是稗田家好了。首先可以确定的是人类势力基本上没有武力抗衡妖怪的能力，因此只能依靠激发妖怪间的矛盾，自身依靠“妖怪需要依赖人类恐惧心(或信仰)而生存”这一设定条件作为凭依，在妖怪群体间周旋，谋取利益并获取话语权。
目前从铃奈庵的剧情看来，阿求的确是知道妖怪间的利益冲突，并且有所利用的，但尚未看到想以此扩大人类势力权益的想法。注意上述用的是“权益”而非“权力”，妖怪们也不是傻瓜，不会放任人类势力肆意增长的。
当然假如人类势力获得了与众多妖怪势力抗衡的能力，比如灵梦突然脑子一热，或者梅莉干翻老紫djdusbxus成功上位并获取大结界掌控权(总觉得这个脑洞有点大...)那就又回到最初的那种假设条件，只是可能初始资源和胜利条件不太相同，基本的步骤应该是差不多的。
嗯，还有一种情况可能就是魔界/地狱/月都势力大规模入侵了吧_(:з」∠)_
那就别说推翻妖怪了，按照月之都的性子，可能妖怪和人类一个都不剩了_(:з」∠)_
BTW，目前有一个正在建的东方向MMORPG的Minecraft服务器，剧情设置就是讲人类势力与部分妖怪势力间的战争(一设崩坏注意)有兴趣可以了解一下233
