关于金陵十二钗正册的排序，算是红学的公案，诸多红学专家都有讨论，诸位红学家的看法罗列于文后。作为参考。
我试着解释一下这个问题。大体有以下几个原则。
第一，在作者眼中，嫁入贾府的少妇肯定是排在后面。贾府自家的小姐以及与贾家关系密切的女孩肯定都要往前放。
作者对于女孩的看法通过宝二爷的口说出“女孩儿未出嫁，是颗无价之宝珠；出了嫁，不知怎么就变出许多的不好的毛病来，虽是颗珠子，却没有光彩宝色，是颗死珠了；再老了，更变的不是珠子，竟是鱼眼睛了。分明一个人，怎么变出三样来?”
何况作者虽然是追求自由，仍然无法摆脱其局限性，正册，副册和又副册的区分就可以明显的看出来，正册都是小姐太太这些主子，副册是介于主子和奴才之间的妾，而又副册才轮到丫鬟。
贾母吃饭，小姐们可以坐着，但是媳妇们还得站着布菜，平儿也提到，探春就是发怒，连二奶奶都不敢怎么样。可见，当时的封建宗法制度下，小姐的地位也是高于嫁过来的奶奶，作者不可能超越当时的时代，为了写实，也似乎应该这么安排。注意，此处是相对而言，王熙凤是王家的小姐，是贾家的媳妇，后文的迎春出嫁，迎春还是贾府的小姐，但是是孙家的媳妇。
特别提到，巧姐这个角色，巧姐在原书中，情节极其单薄，应该算是凤姐的一个影子，更多的体现凤姐的施恩得报，二人其实是一个整体，这有点类似金瓶梅中西门庆和孝哥的角色。
第二，宝玉作为书中的男主人公，是“宝玉系诸艳之贯”，她们和宝二爷的关系，是排序的重要依据。
细究起来，我得出这样的结论：前面的六位代表了宝玉的三种情感：爱情，亲情，友情。
先看判词的第一对：薛宝钗和林黛玉。都是宝玉爱情世界的重要人物，宝钗最后嫁给了宝玉，作为现实世界的妻子，地位不容忽视。林妹妹是宝玉精神世界的知己，是宝玉的意中人。二人在作者心中难分伯仲，二人相对，合情合理。
再看判词的第二对，元春和探春，一个是姐姐，一个是妹妹，元春教导宝玉读书，探春托宝玉大庙大街买小玩意儿，三人同为贾政子女，其姐弟或者兄妹的关系，远非其他人可比。元春是贾府兴盛的领头人，探春则是贾府失败的挽救者。
其次看判词的第三对，湘云和妙玉，二人象征的宝玉的友情世界，湘云和宝玉更像是从小玩到大的伙伴，也就是现在说的哥们儿，是宝玉童年的回忆。妙玉则是宝玉长大后的佛缘，妙玉宝玉皆为所在世界不容之人，宝玉身在尘世，有着佛家的博爱，妙玉身在佛门，却无法平等看待众生啊
第三，剩下的六位怎么排列呢？后面的六位则是主人公宝二爷所生存的背景，也就是衬托。
全书的描述是以荣国府为主，宁国府为辅，而荣国府又以贾政为主，贾赦为辅。不要忘了，前面的探春元春都是贾政家的。
所以众位小姐中就剩下迎春和惜春，二人一个是贾赦家，一个是宁国府的，和宝玉的关系比不上前面的六位，又都是非主要人物，但是比众位结了婚的奶奶地位还是高的，迎春又是姐姐，身处荣国府，于是迎春第七，惜春第八。
最后，看待众位管家奶奶，王熙凤的地位，自不必说，前文提到巧姐其实是王熙凤的一个影子，二人排在第九第十位。
李纨，秦可卿。二人均为贾府之媳妇。李纨为荣国府长孙媳妇，秦可卿是宁国府长孙媳妇，自然是荣国府的人排在前面，所以李纨排前可卿排后。
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红学界几个比较典型的看法
提到红学研究，无法绕过的是周汝昌老先生，作为红学的集大成者，周老在他的《红楼夺目红》一书中提到，此四姑者，是宝玉一生所遇时四个最重要的女子，不但是宝玉心中最敬重仰慕之人，也是关系到他一生所历经悲欢离合的‘阶段性’人物。”黛湘钗妙这两对金玉，也正好照应了第五回太虚幻境中的四个仙姑：痴梦仙姑，钟情大士，引愁金女，度恨菩提。依刘心武先生的解读，这四位仙姑是隐射黛玉、湘云、宝钗、妙玉。痴梦仙姑指黛玉，黛玉确是一个对宝玉用情太深、入梦太深的痴情女子；钟情大士指湘云，钟情即种情，湘云是个能给宝玉带来快乐的女子；引愁金女指宝钗，正是这戴着金锁的宝钗给宝玉带来了无数的愁绪烦闷；度恨菩提指妙玉，就是最后帮助贾宝玉渡过所有的艰难困苦的女子。“
从这段文字可以看出，周老是按照与男主人公宝玉的关系来解释十二钗的排序的，至少是前四位都符合这样的规律，刘心武先生将此详细解释，延续的仍然是周老的路子。
在《红楼梦》的早期抄本巾，己卯、庚辰两本中的第1 7、18回前有一条总批说：宝玉系诸艳之贯，故大观因对额必得玉兄题跋，且暂题灯匾联上，再请赐题，此千妥万当之章法。
庚辰本第46回有一条脂批说：“通郡情案，皆必从石兄挂号，然各有各稿，穿插神妙。“皆必从石兄挂号”可以说是“宝玉系诸艳之贯”另一个说法罢了。
依据这两条脂批，新疆师范大学的胥惠民在他的论文《试探“金陵十二钗"副册及又副册写了哪些人》是这样解释的。
当我们认识了“ 宝玉系诸艳之贯” 的本义是说贾宝玉是连接金陵十二钗所有女儿的一条线索时, 我们就可以回答这个问题了, 原来确定十二钗次序的根据是“ 诸艳之贯” 贾宝玉: 她们和贾宝玉的关系, 即“ 必从石兄挂号” , 以及贾宝玉对她们品德才能的评价, 这样她们必须长期生活在贾府。
宝钗之所以坐首席，因为她是宝玉的妻子，她有美好的品德和丰富的知识，还有杰出的诗才，是海棠诗社两个夺过魁的诗人之一。黛玉之所以坐次席，因为她是宝玉的姑表妹，又是他用生命所爱的意中人，聪慧，有诗才。且在诗社屡次夺魁。元春之所以坐第3席，因为她是宝玉的亲姐姐，曾教育宝玉识字，又是当今圣上的贤德妃。探春坐第4席，因为她是宝玉的亲妹妹，德才兼美，有组织才能，还是海棠诗社的发起人。史湘云坐第5席，因为她是宝玉的表妹，性格豪爽，诗思敏捷，不足是对宝玉说过一次“混帐话”。妙玉人品高洁，聪慧能诗，虽与宝玉无亲无故，但二人是心仪的互敬互重的朋友，生日互送贺卡，其友情受到黛玉的敬重，所以坐了第6席。迎春、惜春是宝玉的堂姐、妹。前者温顺懦弱，后者生性孤僻，她们的才能逊于以上诸人，所以分别坐了第7、第8席。
宝玉说过：“女孩儿未出嫁，是颗无价之宝珠；出了嫁，不知怎么就变出许多的不好的毛病来，虽是颗珠子，却没有光彩宝色”。凤姐是宝玉的姑表姐，又是堂嫂，她的才能很受宝玉的赞赏，曾推荐她协理宁国府理事一个月，仅仅因为她结过婚，“光彩宝色”减少了，所以坐了第9席。巧姐是风姐的女儿，又是宝玉的侄女，所以坐第10席。李纨虽是宝玉的亲嫂子，因年龄长于凤姐，结婚时间长，故而只能坐第11席。秦可卿既结过婚，又是宝玉的侄儿媳妇，才坐了第12席。
而贵州安顺学院的刘蕊杏则提出了这样的观点：
在判词的排序问题上，作者首先遵从了封建社会主子小姐、媳妇这个大的等级框架。因此，宝钗、黛玉、元春、探春、湘云、妙玉、迎春、惜春这几位主子小姐，其排序都放在了前面；凤姐、李纨、秦可卿，作为贾府的媳妇，其排序则靠后，巧姐因为和凤姐在一组，因此也放在后面。确定了这个大的框架之后，作者还将这十二钗两两相对而出。钗黛难分伯仲，是一对；元春探春，两位王妃是一对；湘云和妙玉，这两个众人眼中贾府的外人，都为孤女，列为一对；迎春惜春两姐妹，一懦一冷，算成一对；凤姐和巧姐，一对母女，列为一对，李纨和可卿，是贾府的两代儿媳，一贞一淫，视为一对。
刘蕊杏还提到判词排序与宝玉的婚恋关系，这点毋庸赘述，前面胥惠民也提到这个问题，需要注意的是和贾府关系相关这个视角。
判词的排序还遵循以荣国府为主宁国府为辅的原则。在《红楼梦》中，贾府分为荣宁二府，就叙事内容而言，是以荣国府为主，宁国府为辅。因此，判词中的人物宁国府也仅占两位。且在迎春、惜春，李纨、秦可卿这两对金钗中，将迎春、李纨这两位荣国府的小姐媳妇置于前，惜春、可卿这两位宁国府的小姐置于后。
元春、探春为什么排在第三位、第四位呢？那则是和《红楼梦》的副线索有关了。《红楼梦》副线索是贾府为代表的封建家族的兴衰。这姐妹二人可以说是贾府兴衰的象征性人物，而且一为宝玉之胞姊，一为宝玉之庶妹，与其他姐妹相比与宝玉更为亲近。贾元春是贾政的长女，因“贤孝才德”选入宫中，起初掌管王后的礼职，充任女史。不久封为凤藻宫尚书，加封贤德妃。元春在书中出场不多，但她在贾府的地位是无人能及的。“元妃省亲”表现了贾府曾经烹油烈火的盛况。而探春，在贾府众姐妹中，才情很高，精明能干。探春以她“政治家”的敏锐眼光看到了贾府大厦将倾的危局，她想用“兴利除弊”的微小改革来挽回这个封建大家庭的颓势，但这只能是心劳日拙，无济于事。这样一个有志有才的女子最后被迫远嫁，一方面表现了封建女子无力掌握自己命运的可悲，一方面也表现了贾府已走向衰败。
其次就是从写作手法看待，也就是“人物的出场率和作者的珍爱程度”将十二钗分为六小对来看，每小对的顺序，作者也是仔细加以斟酌，根据人物形象在书中的出场率、还有作者对这个角色的珍爱程度，看怎样达到一个大体的平衡。
先看判词的第一对：薛宝钗和林黛玉。二人论才、论貌都不相伯仲，与宝玉的关系都十分紧密，因此孰先孰后是一大难题。在此，作者独具匠心地用一首判词来写两人，双峰对峙不言高下。判词“可叹停机德，堪怜咏絮才。玉带林中挂，金簪雪里埋。”一、四句写宝钗，二、三句写黛玉，可谓是不偏不倚。可见，在作者心中，二人的地位是同等的。
判词的第二对：元春和探春。元春乃贾氏之嫡出长女，又是贵妃，是贾府坚强的政治靠山，也是封建家族制造的“金玉良缘”婚姻的支持者，自然是在探春之前。但若是按长幼嫡庶的顺序，探春是庶出，却排在了同样是庶出的迎春之前，这又为何呢？除了上文提到的元春、探春，两位王妃当作一对之外，书中探春的无论才、貌、均远胜迎春，出场率也比迎春要多，从其判词“才自精明志自高，
生于末世运偏消”可看出作者对这一形象亦十分喜爱，因此打破了封建血统地位的排序，将探春排在了第四位
判词的第三对：湘云和妙玉。湘云在书中第一次出场是在二十一回以后，再次出场是三十一回以后，湘云与宝玉的爱情应发生在钗、黛之后湘云、妙玉相论，二人同样都是作者喜爱之人物，但从与宝玉的婚恋关系看，湘云更胜一筹，故湘云在前、妙玉在后。
判词的第四对：迎春，惜春。二人均为贾府庶出小姐，都不关心贾府的一切孑然独立，然迎春年长且为荣国府小姐，惜春年幼且为宁国府小姐，故迎春在前惜春排后。
判词的第五对：凤姐，巧姐。二人为母女，自然是母排前女在后。判词的第六对：李纨，秦可卿。二人均为贾府之媳妇。李纨为荣国府长孙媳妇，秦可卿是宁国府重孙媳妇且在第十三回就死掉了，所以李纨排前可卿排后。
天津外国语学院的郑铁生在论文《金陵十二钗判词的排序与《红楼梦》叙事结构的内在关系》中，提到一个新的分类方法，
第一层面，在爱情悲剧中的女儿：黛玉（荣）、宝钗（荣）
第二层面，得不到爱的薄命女儿：元春（荣）、探春（荣）、湘云（荣）、妙玉（荣）、迎春（荣）、惜春（宁）
第三层面，生存在宗法婚姻家庭的女儿：凤姐（荣）、李纨（荣）、巧姐（荣）、秦可卿（宁）。凤姐和李纨是贾母的孙媳妇；巧姐和秦可卿是重孙辈的，何况秦可卿又是宁国府的人，当然是倒数第一人。
