谢邀，给题主提供一个思路：可以把这锅甩给仙术能量。
以下是脑洞解释：
首先解释最根本的一点，仙术能量与查克拉不是一个东西，是完全不同体系的能量。
往远说，六道仙人的查克拉传承自辉夜，是天生的，但他也曾经去妙木山修行仙术(这个好像是动画里的，没看过漫画。)，证明仙术查克拉是需要修行的。
从四战中鸣人一方打带土时只有用仙术才能有效可以得知，普通查克拉对仙人体，也就是大筒木体质是没用的，侧面证明了仙术是独立的。
再有，带土是不会仙术的，一直到六道带土也一样，而斑爷复活后第一时间吸收了柱间的仙术能量，所以之后会使用仙术攻击，这也证明了仙术是独立体系。
证明了仙术是独立体系之后，想要说通蛤蟆仙人的预言就简单很多。
在火影忍者中的，仙术的表现远远比查克拉的表现少很多，大多只是加强忍者的体质与忍术威力，具体的能力并没有太多设定。
既然这样，就可以给它加一个设定，比如修行仙术有可能觉醒预言，甚至可以说它能用来改变体型，这都没问题，到这一步设定自己想加就加。
但是还有一个设定要加上，就是必须是纯仙术修行才能有预言、长生、改变体型(法天象地)等功能，如果体内有查克拉，是不能具有这些功能的。
这一设定可以解释为什么六道仙人、自来也、鸣人甚至是深作志麻等没有预言能力，不像大蛤蟆仙人那样活得久。
最后拓展一下：
火影忍者中的仙术能量，解释的概念是“吸收自然的能量”，用以和“提取细胞内的能量”的查克拉区分。
这就可以对比一下玄幻小说和修真小说，一个是由内而外，像斗气、魔力，一个是由外而内，像修仙的真气。
这样一来，如果主修查克拉，就可以借鉴其它玄幻小说里的各种招式设定、形态设定等等，如果主修仙术，就可以借鉴修真小说里的各种仙术能力，比如大蛤蟆仙人的预言就可以解释为“梦中千年”等等。
当然，火影忍者里肯定是不能直接硬套玄幻、修真小说里的名字的，建议只学概念，名字自己取。
写同人嘛，没必要拘泥火影忍者世界本身的东西，毕竟就算是岸本也没有展示火影忍者世界的全貌，这就给了很大的创作空间，只要脑洞够大，逻辑不出毛病就行。
完了，✧(≖ ◡ ≖✿)！
