明英宗朱祁镇就是杀害于谦的头号罪魁祸首，罪证确凿，不容抵赖。
明英宗朱祁镇既从来就不是什么好皇帝，也更加绝不是个任何意义上的好人。
《明史》和通俗读物《明朝那些事》中「朱祁镇受徐有贞、石亨蒙骗，才害死于谦，事后悔悟」一说，不过是沿袭后来的明宪宗朱见深给于谦平反时，为其生父遮丑讳过，才做的官样文章。
“夺门之变”发生的根源，是明代宗景泰帝朱祁钰病重不起，而他的独子“怀献太子”朱见济已夭折。国家没有皇储，是以人心浮动。按朱元璋皇明祖训，伦序择立的第一继承人，是皇侄中最年长的朱见深，正是被朱祁钰废去的前太子，也是太上皇朱祁镇的长子。
朱祁钰身边那帮当年力主废立的近臣，生怕朱见深继位后会反攻倒算，谋划着另外迎立藩王，选中的便是素有贤名的皇叔襄王，此议被兵部尚书于谦坚决抵制。
因为土木堡之变后临危受命，指挥北京保卫战大获全胜，挽救社稷于危亡，于谦在朝野声望隆高。朱祁钰对于谦极为礼敬，屡加封赏，多次探视，甚至超出了一个皇帝对臣子的限度。而景泰初年的朝政大事，也都由于谦一言裁决，名为兵部尚书，实为帝国的实际首相。
于谦和商辂等内阁重臣商议，由商辂援笔《复储疏》：「陛下宣宗章皇帝之子，当复立章皇帝之孙。」而当时明宣宗子裔，仅剩下包括朱见深在内的，太上皇朱祁镇的几个儿子。
朱祁钰愿意接受此奏议，复立朱见深固然好。否则等他归天，群臣只需上书孙太后，让朱见深以血缘最亲近、年龄最长的皇侄身份继位亦可。
然而如果朱祁钰复立朱见深为储；或是朱祁钰死后，朱见深正常即位；虽然是最符合朝局稳定，社稷安宁的大局，却绝不符合朝中那些权奸宵小，如石亨、徐有贞、曹吉祥等人利益。
他们谋划夺门，不止是为捞取迎立之功，亦是因他们深为嫉恨的于谦在朝中主持中枢，他们就没办法得到朝中大权，从而为所欲为。
而对于谦这样望重天下的社稷大功臣，想要致他于死地，就必须换上一个对于谦有深怨而衔恨的皇帝，并栽赃以谋反罪名。所以前太子朱见深并不符合他们心意，非太上皇朱祁镇不可。
就在《复储疏》呈于礼部，还未上报给朱祁钰的当夜，石亨徐有贞曹吉祥们听闻风声，迫不及待打开宫门，迎接朱祁镇，发动了 “夺门之变”。
被囚南宫，苦盼复辟的朱祁镇，和石亨、徐有贞、曹吉祥等夺门一党达成肮脏的政治默契：一方得皇位；一方得朝权、杀于谦。
因此朱祁镇复辟后，迫不及待将于谦及许多景泰年间重臣下狱。其谋害于谦圣旨曰：
商辂原系朱祁镇东宫旧臣，本不在逮捕之列，朱祁镇一度还让他给自己起草复位诏书。可商辂为于谦力辩绝无迎立外藩事，举此时仍在礼部的《复储疏》为证据。
岂不知朱祁镇对此本就心知肚明，为了完成与夺门一党的约定、为了让这场政变变得师出有名，他才非杀于谦不可；是以索性将商辂也下了狱，其后从宽改罢官归乡，终其在位之日，不复召还。
于谦立身甚正，“两袖清风”这个成语就是由他而来，什么常例的冰敬炭敬灰色收入，从来与他绝缘。背难时家无余资，只有正屋里紧锁着明代宗朱祁钰赐给的蟒袍、剑器等物。遇害时“阴霾四合，天下冤之，京郊妇孺，无不泣洒”。
血不曾冷，风孰与高！百姓心中自有一杆秤，他们都知道，是于少保从瓦剌骑兵的铁蹄下，拯救了山西河北上百万百姓的身家性命。“天下冤之”的另一面就是“天下怨之”，百姓怨恨的对象正是那个复辟成功、高居九重的大明天子。
不论古今，什么时候都缺不了污蔑英雄、落井下石的宵小。于谦遇害时，某地一个教谕小官上书，就说于谦罪当灭族，于谦荐举诸文武大臣都当一并诛杀。只是就凉薄如朱祁镇，也知众怒不可违，若真敢如此倒行逆施，恐怕就连他自家的皇位也不稳了。毕竟杀害于谦，可是连他自己的母后孙氏都因此叹气哀伤，甚至当面斥责的。
朱祁镇不止杀害于谦，更大规模清洗朝堂，杀害众多京师保卫战的有功朝臣。包括内阁辅臣王文和于谦被一同杀害，曾于德胜门之战击退瓦剌首领也先的将领范广更被凌迟处死。
内阁辅臣陈循、工部尚书江渊、刑部尚书俞士悦被发配流放，内阁辅臣萧镃、内阁辅臣商辂、吏部尚书王直、右都御史李、右通政殷谦等罢职。其下尚有众多景泰年间的文武要员被杀害、流放、罢黜。他们大都是国家栋梁之才，却被一心党同伐异的朱祁镇清洗。
除此之外，在朱祁镇复辟后的天顺年间，更有以下种种恶行弊政：
后来石亨石彪叔侄骄纵不法，图谋变乱；太监曹吉祥与其侄曹钦更公然在京师举兵造反。
至于《明事》定要将平定石、曹一党，也当做朱祁镇的所谓“功绩”，未免过于无稽。被君主宠信的太监举兵造反，唐朝之后历朝努力限制宦权，整整五百年，也就出了这么一例。
各地按察使、参政、巡按等大员因此被罢免和下狱无数，甚至连皇族宗亲也不幸免。
如他的堂叔弋阳王朱奠壏，得罪锦衣卫，竟被诬陷与其母乱伦，朱祁镇明知此事荒诞不经，为维护其佞幸的权威，也定要颠倒黑白，草菅人命，下令冤杀朱奠壏母子，并焚其尸。
甚至就连朱祁镇在瓦剌时和他相依为命的护驾功臣袁彬，只因不愿违心枉法，助纣为虐，便也被拷打下狱，流放闲置。
明朝政府历时七年，出动二十五万大军，耗费钱粮无数，才将这场民变镇压下去。
关于朱祁镇的种种恶行，可参见答主此前二文：
大明天顺奇事：瓦剌太师，立庙京城；护驾英雄，下狱拷打。
丧师辱国，叫门天子，遗祸千秋：明英宗朱祁镇。
总而言之，他不但可说是明朝从人品到政绩最差劲的皇帝，也更加不是《明事》吹嘘的什么“好人”。
明宪宗朱见深即位后数年，召还商辂为内阁首辅，给于谦平反昭雪，赦免其亲族并加恩，并在商辂力主下，追复景泰帝朱祁钰帝号，以帝皇之礼重修其陵寝。
这一方面固然是朱见深为人敦厚明智，子不类父，另一方面也是他明白朱祁镇所谓“夺门之变”，抢的其实是他自己的皇位，如不尽快于谦平反，就是让忠臣义士尽皆齿冷，长此以往，大明王朝的统治合法性便要消失殆尽了。 朱见深生为人子，又不能在诏书中明白说自己父亲的不是，如何恩将仇报，如何冤杀忠良，所以才假称「为权奸所并嫉，在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠」。于谦之冤岂只朱祁镇父子知晓，天下人何人不知？若当真以为这是“朱祁镇交待儿子替于谦平反”，实为滑天下之大稽。
于谦死，大明王朝少一社稷臣，帝国国势就此中衰，对士风臣心摧残不可估量。终于演变到明末，有士子提笔写下「为天下之大害者君而已矣」，道出了他们的共同心声，多少个文武臣僚皆视君皇如陌路，冷眼坐视其灭亡，岂知却让东虏趁虚而入，导致衣冠沦丧、神州陆沉的历史大悲剧。一直到南明的几十年，为何始终在强敌当前依旧众心不齐，为皇统之争内讧不止，无数品行高尚的忠臣志士皆不可免，错过或能力挽天倾的多次大好时机。这一切的发端，都可说源于于谦的遇难。历史何其不公，大明二百余年最优秀的大臣，偏生碰上了大明二百余年最差劲的天子；历史又何其公正，英雄终究会流芳百世，英名与华夏民族同始终；懦夫和凶手同样也一定会遗臭万年，永远受尽子孙后人耻笑唾骂。
于谦和岳飞这对“西湖双忠”，皆是以“社稷为重君为轻”为信念的华夏社稷之臣，他们真正忠心的从不是某家某姓皇帝，而是整个华夏文明和亿兆苍生。也真因如此，方值得我辈后人，永世敬仰。
