游戏开始时，玩家需选择角色性别并命名。故事开始后，玩家会发现自己坐在一辆车内，下车后进入主角家中。调好时钟后，玩家可以出门。离开主角家后，前往隔壁的房子，上2楼遇到副主角，随后离开。离开村子后，向北走时，会看到博士被一只神奇宝贝追逐，博士请求玩家从他掉落的公事包中选择一颗宝贝球来帮助他。战斗胜利后，博士带玩家回研究所，并赠送玩家刚刚使用的神奇宝贝。离开村子，前往101号道路的子时市。在子时市向北走103号道路，会遇到副主角并与其战斗。胜利后回到三代镇博士的研究所，博士赠送玩家神奇宝贝图鉴，副主角赠送5颗神奇宝贝球。回到主角家，妈妈站在门口与玩家对话，赠送慢跑鞋，按B键即可跑步。前往子时市的102号道路前往灯火市。进入道馆后，有小孩请求玩家陪同抓神奇宝贝。回道馆后，需先获得4个徽章才能挑战。前往104号道路，进入森林，发现有人寻找一种蘑菇神奇宝贝。邪恶团体出现并与玩家战斗。胜利后，该人赠送一颗超级球。向左上方找到男生，获得招式机09，进入花店，与人对话获得浇水器。继续前进至金图市，进入左边的房子与男子对话，获得秘传招式01（居合斩，用于砍树）。进入神奇宝贝中心右上方的学校，与老师对话获得先制之爪。接下来挑战金图市道馆，馆长使用岩石系，选择亚查摩会花费较长时间。奇摩利和水五郎是较佳选择，亚查摩升至15~20级也很好。胜利后获得徽章和招式机39。走出道馆后，邪恶团体成员逃跑，玩家协助找回物品，赠送超级球。回到金图市，那人赠送口袋领航员，可以查看地图，并要求玩家送信给某人。回到室镇，道馆旁有人赠送烂钓竿。进入室镇西北山洞，获得秘传招式05（闪光），返回室镇挑战第二家道馆。馆长使用格斗系，胜利后获得徽章和招式机08。返回洞窟，利用闪光找到收信人，将信交给他后获得招式机47。与载玩家的老人对话，选择前往的城市，选择中间选项。到达荷稻市，选美会房子内获得糖果盒和招式机41。进入荷稻市造船厂，博物馆内获得招式机46和招式机46。进入金节市脚踏车店，获得神速车和跳跃车。返回荷稻市，商店内获得秘传招式06（碎岩）。回到金节市，商店左房子获得代币盒，进入游乐场玩耍。进入金节市道馆挑战，胜利后获得徽章和招式机34。前往四岳镇，选美大会获得招式机45。进入洞窟，帮两人解开石头，获得招式机04（怪力）。返回金节市，112号道路前进，进入山洞，获得招式机32。继续前行，到达萩拓镇，获得招式机28和招式机05。进入山洞，击败邪恶团后获得陨石。返回金图市，通过116号道路，四岳镇，117号道路，金节市。到达山顶，击败首领后获得陨石。前往风炎镇，温泉区获得小果然翁蛋，道馆右房子获得木炭。准备挑战道馆，馆长使用火系，胜利后获得徽章和招式机50。与副主角对话后获得沙漠工具，返回山洞，获得招式机06和火之石。返回萩拓镇，工厂内获得招式机27。至此，玩家完成了主要的冒险任务，获得了许多珍贵的物品和徽章，为成为神奇宝贝大师奠定了坚实的基础。
