1000集后《名侦探柯南》中涉及黑衣组织的集数主要有以下几段：
1009集至1011集：《充满谜团的鸡尾酒》系列。这三集剧情围绕一起与黑衣组织相关的复杂案件展开，揭示了组织内部的某些秘密行动。
1029集至1031集：《目标是警视厅交通部》系列。在这三集中，黑衣组织对警视厅交通部进行了某种程度的渗透或干扰，引发了柯南等人的调查。
1060集至1062集：《36宫格的完美犯罪》。这三集讲述了一起看似完美无缺的犯罪案件，其中涉及到黑衣组织的某些计划或成员。
1068集至1069集：《挖野菜与四叶草》。尽管标题看似与黑衣组织无关，但这两集的剧情中实际上隐藏着与黑衣组织相关的线索或事件。
1075集至1077集：《藏不住的古董盘》。这三集围绕一件古董盘的争夺展开，其中涉及到黑衣组织的利益纠葛。
1090集至1092集：《太阁名人的将棋盘》系列。在这三集中，柯南等人通过解决一起将棋比赛中的谜团，逐渐揭开了与黑衣组织相关的秘密。
1050集至1052集：《替身京极真》以及1086集、1095集等单独集数也涉及到黑衣组织的某些行动或成员，但具体情节和关联程度可能因剧情而异。
以上集数均是在《名侦探柯南》1000集之后涉及到黑衣组织的关键剧情，这些集数不仅推动了故事的发展，也进一步揭示了黑衣组织的神秘面纱。
