下面几位大佬似乎答非所问了呢，我来整理一下现在关于生物分类系统的相对权威的学术组织。
被子植物：Angiosperm Phylogeny Group－被子植物系统发生学组
裸子植物：Gymnosperm Phylogeny Group－裸子植物系统发生学组（Botanical Society of America 美国植物学会去年才成立的一个组织，还没听说什么成果）
蕨类植物：Pteridophyte Phylogeny Group－蕨类植物系统发生学组
我跟动物学的同学聊过，动物学界似乎没有类似这样的组织（欢迎打脸）。
但是必须说明的是，这类学术组织的工作并不是自己做分子系统学实验来建一个树，而是整理其他人发表的成果，处理其中相互矛盾的地方，将其统筹起来，建立一个（传统上视为）门级的大系统。
这类工作一般间隔若干年发表一次，所以不一定保持最新，例如盾药花科（Peltantheraceae）在APG IV系统（最新版本）发表后被命名，因此APG系统尚未予以承认。
