少年包青天3共有六个案件。1、重出江湖部分。木兰男扮女装潜入到风月楼里，为了给自已的爱人彩蝶报仇，杀死辽国的和谈使、双喜镇县官、狱管、以及风月楼老板和西夏的汉奸。其真实身份就是马兵之子马回峰，只因为外表酷似女性，所以没有人看出他的真实身份。2、三大神器部分：东瀛的少将军为了找出自已的同父异母的弟弟，相继杀死方丈、无优大师和无止大师。同时为了报仇，又相继杀死东瀛的一孽大师和东瀛大将军夫人。当然，其中夹杂了无数动人的爱情故事，但是法网恢恢疏而不漏，最后真相被包拯揭开。3、脸谱杀人部分：宋朝西部的巡抚刘义，为了解散西朝，相继杀死曾经和自已一起反对庞太师的京城四少的其中三位。而刘义也是和他们称兄道弟的好友。4、凤凰勾魂部分：曾经的太医令金篑为了给自己的情人报仇，利用小孔成像（凤凰勾魂）的原理杀死自已至亲至爱的三位徒弟。故事皆是由爱深恨，爱恨不得终成恨。这个部分是整部剧最让人震撼的，尤其是房子外缓缓上升的影子。等到真相被解开之后，原来就是简单的物理学原理。5、天芒部分：土城的若水是天芒的守护者，为了保护天芒而杀死前来寻宝的张西将军、封大、西夏汉奸高深以及东瀛火贺派领袖炎、贺半藏。若水天真善良，爱上了包拯，可是最后也因为天芒而死。6、杀灭央部分：皇帝为了得到天芒，将柴郡主变成柴丝言，安插在包拯身边用来监视大包。与此同时，庞统兵变造反的阴谋被包拯揭发，而皇帝的阴谋也被一部部揭开。最后大包自以为得罪了皇帝而跳崖，众人以为他离开了大家，其结果没死。和小蛮在双喜镇的风月楼快乐生活在一起。六个故事都带给观众扑朔迷离之感。其中夹杂的爱情故事凄惨又美好，让人动容。
