军统和中统都是中华民国时期的重要情报机构，但它们之间存在一些显著的区别。
首先，它们的全称和成立背景不同。中统的全称是“中国国民党中央执行委员会调查统计局”，成立于1928年，由陈果夫、陈立夫所掌控的国民党中央组织部所建立。而军统则是由戴笠于1938年成立，其前身为国民政府军事委员会密令组建的特务处，后改为国民政府军事委员会调查统计局，隶属于国民政府军事委员会。
其次，它们在组织结构和职能上也有所区别。中统在国民党各省、市、县的党部都有有分支机构，以党政机关为侦查对象，其特色是人员分布广泛，组织严密。而军统主要负责军、警、宪、特情报及行动业务，并且对党政机关、社会团体、报刊杂志、广播电台的监视也毫不放松。此外，军统还负责搜集各类政治、军事、经济情报，对军队监军、派遣特务进驻军队、警察单位等任务，各地军、警机关对逮捕之暴乱分子，必须移交给军统审讯。同时，军统也负责除汉奸、谍报、对日作战中的特种作战、对共产党及其他统一战线的敌情收集等工作。
最后，两者在抗日战争中都发挥了重要作用，但也在一定程度上存在矛盾和争斗。中统主要对付党内敌人，军统则是对付党外敌人同时也担负反共任务。两者虽然都是为了维护国民党的统治地位，但在具体行动中往往产生摩擦。
总的来说，军统和中统在民国时期都扮演了重要的角色，但它们在组织结构、职能以及历史作用等方面都存在明显的差异。
