这个问题，我也刚好曾经遇过，问过很多人。
结果如下：
网上的搜索结果：
1.公司差旅费中的餐费是计入业务招待费还是差旅费？山东国税答复：差旅费包括与出差任务相关的交通费、住宿费、伙食补助费以及各种杂费（如机场费、保险费、订票费、行李托运费、寄存费等）。对于问题中所说“出差途中的餐费”，如要列入差旅费扣除，需能提供在“出差途中”就餐的证明，反之，计入业务招待费。云中飞点评：不要说这是一个小问题，如果你是财务人员你确实不知道如何处理。如果出差途中的餐费作为差旅费，就可以全额扣除；如果出差途中的餐费作为业务招待费，只能在限额以内扣除。山东国税的回答也挺人性化的，只要提供在“出差途中”就餐的证明就可以全额扣除。这个证明应该是“出差途中”所经过的城市的餐费，以及一张单位证明。
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2.公司（非行政事业单位）出差，交通费、住宿等凭发票报销，另外根据出差地点的不同，给与一定的补贴（按天计算），请问，现金发放的补贴是否并入工资、薪金缴纳个人所得税？
国家税务总局2009年12月18日回复意见： 您好：您在我们网站上提交的纳税咨询问题收悉，现针对您所提供的信息简要回复如下： 根据国家税务总局关于印发《征收个人所得税若干问题的规定》的通知(国税发[1994]89号)规定：“（二）下列不属于工资、薪金性质的补贴、津贴或者不属于纳税人本人工资、薪金所得项目的收入，不征税：1.独生子女补贴；
2.执行公务员工资制度未纳入基本工资总额的补贴、津贴差额和家属成员的副食品补贴；
3.托儿补助费；
4.差旅费津贴、误餐补助。” 根据财政部关于印发《中央国家机关和事业单位差旅费管理办法》的通知（财行[2006]313号）规定：“从2007年1月1日起，出差人员住宿，暂时按照副部长级人员每人每天600元、司局级人员每人每天300元、处级以下人员每人每天150元标准以下凭据报销。差旅费开支范围包括城市间交通费、住宿费、伙食补助费和公杂费。城市间交通费和住宿费在规定标准内凭据报销，伙食补助费和公杂费实行定额包干。出差人员的伙食补助费按出差自然（日历）天数实行定额包干，每人每天50元。出差人员的公杂费按出差自然（日历）天数实行定额包干，每人每天30元，用于补助市内交通、通讯等支出。” 根据上述规定，对因公出差，在当地规定标准范围内取得的差旅费津贴不征个人所得税，超过标准部分并入取得当月工资薪金计算缴纳个人所得税。 上述回复仅供参考。有关具体办理程序方面的事宜请直接向您的主管或所在地税务机关咨询。欢迎您再次提问。
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本人认为最稳妥的做法：
（可以不提供发票，而且不用缴个人所得税、企业所得税可以税前扣除）
1.公司规章制度要明确规定餐补标准；（早餐、中餐、午餐标准多少？如果是北上广深一级城市，标准又是多少？）
2.将补贴标准与当地税务局专管员备案；（因各地标准都不太一样，需与税务机关做好沟通）
3.提供能证明出差天数的原始凭证（出差申请单、差旅费报销单、住宿发票、交通票等）
4.超过餐补标准的部分，做入工资（交个人所得税）
5.餐补不能人人有份，否则就是一种福利。（餐补与福利的区别）
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2015-12-28更新：北京明确餐补需要发票了，法规可以自己搜搜
