要说清楚葡萄牙历史上换过几次首都，可能首先要大致理一下西班牙的前世今生。了解更多可参见我知乎上的拙作《西班牙简史：世界历史文化遗产之旅（1-9）》，下图就是其中的内容。
之后再来说说葡萄牙的由来，如下
1、葡萄牙第一伯国：868年，阿斯图里亚斯王国收复波尔图，建立边疆伯国葡萄牙（此时可视波尔图为首都（古地名：Portus Cale, 868-1071）。之后，又在葡萄牙伯国以南建立了另一个边疆伯国科英布拉（1096年并入葡萄牙第二伯国）。葡萄牙第一伯国在科尔多瓦哈里发王国时期曾被穆斯林夺回，费迪南一世时期，葡萄牙伯国和科英布拉伯国重新回到莱昂王国手中。费迪南一世去世之后，加利西亚王国成立，葡萄牙第一伯国归属其下，但拥有相当大的自治权。阿方索六世时期（1071），加利西亚王国重新并入莱昂王国，葡萄牙第一伯国的历史告一段落。
2、葡萄牙第二伯国：阿方索六世后来将原加利西亚王国、葡萄牙第一伯国、科英布拉伯国的领地交由他的女婿打理。后来，为了遏制其女婿日益增长的权力，阿方索六世将加利西亚和葡萄牙（含科英布拉）划分为两个行政区，并将葡萄牙交予另一个女婿管理。1096年，葡萄牙第二伯国成立，定都布拉加（1096-1139）。
不过，布拉加附近的吉马良斯（Guimarães）才被称为葡萄牙的诞生地，因为葡萄牙王国的开国之君阿方索-亨里克出生于此，这里也是建国前决定性战役——圣马梅德战役（Battle of São Mamede，1128年）的发生地。
3、葡萄牙王国：1139年，葡萄牙王国成立，；1143年，阿方索七世承认了葡萄牙王国的独立地位；1147年，葡萄牙王国收复里斯本；1179年，独立的葡萄牙王国获得了教皇的认可。1255年，葡萄牙迁都里斯本。
4、1255年之后，里斯本一直作为葡萄牙的首都而存继，期间只出现过几段小插曲（如1384年，卡斯蒂尼亚的胡安一世短暂占领里斯本；16世纪上半叶（曼努埃尔一世和约翰（若昂）三世期间），埃武拉的事实首都身份；1580-1640的西班牙哈布斯堡联盟期，但未丧失事实独立地位；1807年，拿破仑入侵时短暂迁都里约热内卢。
综上，从大面上不过度追求细节的角度看，葡萄牙历史上的首都分别是：波尔图（第一伯国时期）、布拉加（第二伯国时期及葡萄牙王国早期）、里斯本（葡萄牙王国绝大部分时期至今）。其他拥有过类似首都地位身份的城市还包括：吉马良斯、埃武拉、里约热内卢。
以上，供参考，如有不准确的地方，还请指正。
