《少年康熙》剧情主要围绕康熙从少年登基到逐步巩固政权的过程展开，包含少年时期经历、成长中的情感纠葛以及结局的隐晦暗示等内容。
少年时期经历：顺治十六年，玄烨生于深宫，因顺治对董鄂妃及荣亲王的过分疼爱，忽略其他皇子，导致玄烨形成叛逆性格。为引起注意，他处处惹祸。玄烨由孝庄教养，孝庄对其期望很高，但玄烨在课堂上不务功课、爱闯祸。在紫禁城中，他与冰月格格和陪读曹寅感情深厚。
成长与情感纠葛：康熙在街上结识索尼的孙女赫舍里芳儿并成为朋友。此时，冰月与安王爷因太皇太后大寿回宫，康熙发现自己爱上了冰月。然而，太皇太后为康熙的帝位考虑，下旨让安王爷带冰月三天后离开紫禁城，还将冰月下嫁给遏必隆的儿子，同时封赫舍里芳儿为皇后。康熙得知后伤心却无能为力。后来，康王杰书将冰月非岳乐亲生女儿的消息传于民间，康熙追回冰月。二人在康亲王杰书设计的陷阱下度过一夜，第二天康熙带冰月回紫禁城，希望太皇太后收回旨意并封冰月为皇后。但太皇太后怕消息泄露难以收拾，命曹寅封锁消息，可惜为时已晚，消息传遍紫禁城。太皇太后为大局决定将冰月交由宗人府处死，康熙无计可施。耿聚忠为救冰月求康熙将冰月下嫁于他，康熙只好下旨。千钧一发之际，耿聚忠带领兵马在宗人府救下奄奄一息的冰月。
结局暗示：有贴吧内容提到结局存在隐晦大胆的暗示，如天禄暗示冰月孕育了帝王胤祯等。并且认为真正结局在第一集，第一集开头康熙和聚忠在仙霞岭对峙，冰月说如果可以选择情愿还像以前一样，还提及将剧中一些情节顺序调整，把顺治改为康熙，董鄂妃改为冰月等。
