质量效应3中的主线任务包括：“天堂之门”、“沙漏星云”、“伯劳深渊”、“艾斯玛边境”、“光晕星团”的“爱莎图书馆”，“西利安星云”的“撤离艾柯人”，“突锐母星”的“第一军团的旗帜”等。这些任务是游戏情节发展的关键环节，推动故事进展。
支线任务则包括：“普洛仙数据驱动器”、“撤离艾柯人”、“阿莎丽母星”、“西利安星云”、“克洛根非军事区”、“米诺斯荒地”的“原型零件”，“努比安星域”的“冥王奈克瑟斯”等，以及特定事件或任务后解锁的“普洛仙球”、“收割者密码片断”、“卡扎方尖石”，和涉及游戏角色剧情发展的“贝宁线索”、“埃丽亚青阳”、“埃丽亚血囊”等。这些任务丰富了游戏的多样性，提供了额外的探索和挑战，加深了玩家对游戏世界的了解和与角色的情感联系。
