《黑耀的轨迹》描绘了一群青年在黑暗政治和邪恶黑市贸易的背景下，追求正义与复仇的旅程。其中，冯·福汀布拉斯（Fon F Littenber）是故事的主角之一，他拥有独一无二的基因技术无法克隆的美丽孔雀眼，自13岁起，他目睹了亲生父母被黑市的人谋杀，随后被“基因之父”利腾贝尔博士收养。冯在17岁时以优异成绩进入军校就读，但他内心对黑暗的政府统治和罪恶的黑市贸易深感不满，立志成为伊尔盖尼斯的最高统治者，以摧毁黑市并为双亲复仇。性格孤僻的冯在与杰奇、尼可拉斯、克尔戴普和艾斯等人接触后，逐渐软化，甚至成立了名为“象牙”的反政府组织。
杰奎斯·樊（Jaques Van）是冯的舍友和挚友，比冯大五岁，性格稳重，对冯温柔照顾。他高中毕业后在外漂泊三年后回到故乡，上军校的原因是“先看看”。杰奇在冯的复仇之路上多次劝阻冯的冲动，并表示若冯再次前往里岛，他将把冯绑在床上。在冯狂暴状态被带走后，杰奇一直担忧冯的安危。杰奇也是冯成立的反政府组织“象牙”的成员之一。
加尼斯·雷诺（Janis Reno）是优待生，学年排名第二，仅次于冯。他是雷诺财团——黑市重要势力的二少爷，与黑市关系密切，但对人造人的态度与冯相通，不将人造人视为商品，而是视为具有人权的公民。加尼斯幼年因事故导致四肢残缺，使用活体假肢，当他的身体停止成长后，作为替代品的艾斯的部分肢体将被移植到加尼斯身上。
艾斯（JS）是人造人，是加尼斯名义上的弟弟，长相与加尼斯一模一样，实际年龄只有13岁。因为加尼斯不忍艾斯孤独，使用生长激素使他看起来与自己一样大，并对外宣称这是自己的弟弟。艾斯对自身是复制品没有任何怨言，因为他将哥哥视为神。在学校中，艾斯与冯相遇，并在冯去里岛寻找人时提供了帮助，纯真的艾斯逐渐喜欢上了直爽的冯并对其敞开心扉，但冯无法理解艾斯对加尼斯的感情。
尼可拉斯·罗登（Nicolas Roden）是冯的同级同学和好友之一，成绩优秀但永远在冯和加尼斯之后。他性格要强、一丝不苟，对冯的优秀既敬佩又妒忌，不欣赏杰奇的举止，试图阻拦冯与杰奇的交往。尼可拉斯是电脑程序高手，多次入侵政府网站盗取机密资料，揭露不为人知的官员违法行为，以自己的方式伸张正义，被视为冯的同道中人和“象牙”的一员。
安德烈·克里斯弗恩是军校里的知名人物，现任首相的儿子，同样也是优待生。他个子不高，气焰嚣张，有自己的势力圈，常以卑鄙手段迫害冯。安德烈对冯抱有敌意，多次挑衅冯。在家长开放日那天，由于冯和杰奇等四人的合作大出洋相，安德烈对冯恨之入骨，誓言要将冯逐出军校。
克尔戴普是冯在军校的好友之一，经常与尼可拉斯同行。他性格单纯开朗，待人真诚，经常帮助冯和杰奇，也是“象牙”的一员。
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