简单来说，反式作用因子和转录因子是从两个不同角度解释的同一类东西。（一般可以这样认为）
反式作用因子：trans-acting factors，是指转录模板上游基因编码的一类蛋白调节因子，包括激活因子和阻遏因子等，它们与顺式作用元件（cis-acting elements）中的上游激活序列特异性结合，对真核生物基因的转录分别起促进和阻遏作用。
转录因子：transcription factors，是一类能与基因5'端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。基因序列在转录的过程中需要RNA聚合酶的作用，而RNA聚合酶行使转录功能需要其他的辅助蛋白来促进或者抑制转录，这些蛋白就是转录蛋白，它们经常是与上游5'端非编码区（5'-UTR）上特殊的核酸基序（motif）结合而发挥作用。
反式作用因子是相对于顺式作用元件而给定的概念，反映的是蛋白与核酸序列结合的特殊对应关系；转录因子是在基因表达层面，作用于转录过程而言的，其实两者说的东西基本上是一样的。
