不提黄巾军的最终目的谈这件事，因为最初的动机是什么没人知道。
单看东汉末年朝野动荡，民不聊生，黄巾军起义算得上是农民揭竿而起反抗堕落朝廷的维权运动。既然不能有效得治理国家，给农民以安定和合理税收，那么农民起义为什么不算是正义的举动？一定要维护汉帝国的统治就是正义的吗？汉帝国也不是生来就有稳定合法统治的，西汉初期假如刘邦和项羽争权失败，那么项羽不就是合法当权者吗？所以单看这一点汉帝国不算正义的一方。
黄巾军的问题在于创业容易守业难，在于没有扛起违背汉统治这一“叛国”行为之后的重新建立统治的大旗。如果一个统治是低效率并且违背人民意愿的，那么最重要的不是把这一统治砸坏，毕竟破坏谁都可以，而是如何改良它或者建立更好的统治替代他。这一点上黄巾军失败了，失败的原因一方面是精神领袖的死亡导致群龙无首，另一方面是因为军事的失败。没有连续的纪律和纲领导致东汉后期生灵涂炭，从这一点上看黄巾军也不是正义的。
任何问题人们都可以在现阶段现有的社会意思社会存在基础上侃侃而谈，谈正义和非正义。那么正义和非正义的界限是什么？就如屠龙者杀了恶龙，自己却变成了龙。那么从出发点上他是好的，从结果上他是坏的。那么看起来他好像从正义变成了非正义，假如后来的龙并没有像之前的龙一样恶劣呢？那是不是从结果上他又成了好的，毕竟如果毫无作为之前的恶龙依旧存在着，那么是不是现在他又成了正义的？这种想法是存在问题的。
世界并不是非黑即白的，正义也是相对的，或许说那要看你站在什么立场看这个问题。如果你站在汉帝国的立场不动摇，那么黄巾军就是非正义的。如果你站在汉末贫苦的人民立场上，那么黄巾起义就是正义的，后来黄巾军变得混乱不堪，他违背了农民立场的利益，他就是非正义的。如果你单单作为一个局外者，或者说当代人，我宁愿把他当做中国政体慢慢变好过程中的推动力量，既不是正义也不是非正义的，而是有时代意义的。
