不谈GTO原创前传内容，单谈一年战争中后期剧情。
最大的差别在于GTO直接改变了主线的顺序。
0079里白色要塞的主线可概括为：
SIDE7--月神二号--降落地球--算计卡尔玛--大战兰巴•拉尔夫妇--大战黑色三连星--敖得萨--北大西洋--贾布罗--星一号作战
到了GTO里则是：
SIDE7--月神二号--降落地球--算计卡尔玛--大战兰巴•拉尔夫妇--大战黑色三连星--贾布罗--北大西洋--敖得萨--星一号作战
即白色要塞先南美洲与黑色三连星交手后先到贾布罗与大部队汇合并上交了高达和战斗数据，再参加敖得萨会战。0079前期反复强调把高达送到贾布罗是最重要的任务，可白色要塞却放着更近的贾布罗不去先闪现到东欧参加敖得萨会战再走大西洋回南美，并不合理。GTO提前了贾布罗剧情，也为吉姆参战做了铺垫，加速了联邦的反击进程。
二是GTO对主线内容做了多处魔改，也一定程度上导致战斗力轻度崩坏，举几个例子：
0.白色要塞开局比原版多搭载了两台钢加农和两台钢坦克，机库竟然够用。
1.在SIDE7还有一台测试机涂装的RX-78-01[N] 局地型高达，此机在击坠数机之后死于核熔炉殉爆。看来GTO里夏亚地位更高，带的MS部队更多，GTO里的战舰比0079里的能装得多。另外白色要塞原定船长是驾驶鱼雷艇阻挡姆塞而受重伤的。
2.塞拉偷开高达的剧情被删，分镜却废物利用，变成阿姆罗吃瘪被凯驾驶钢加农救下。这段分镜原本是把塞拉开高达和阿姆罗开钢加农对比体现阿姆罗的技术的，改得耐人寻味。
3.在贾布罗阿姆罗因为高达正在解析数据和加装核心战机模块无法出战而驾驶吉姆与夏亚的红魔蟹对战，因为性能不够吃了瘪。而且此战夏亚小队渗透是配合大部队进攻，但由于指挥官太蠢，大部队被联邦军引诱到无人区炸了天花板活埋。
4.在敖得萨战役前夕夏亚为引诱阿姆罗出战而驾驶红扎古接连削了数个吉姆小队的人棍刷击坠数，然后被阿姆罗驾驶高达暴打，极限脱出。顺便一提，史连卡中尉是被削人棍的吉姆驾驶员之一，部队被打没了之后被编入白色要塞。我怀疑GTO的MS有压缩技术，战舰搭载能力比0079提升了一倍有余。
5.黑色三连星痛失马修后又补充了驾驶员和大魔，组了两个四人小队，在敖得萨八打一围攻阿姆罗，全灭。阿姆罗边击坠边数数，把后来在SIDE6打力克大魔的台词提前说了。
6.马克贝在敖得萨驾驶强人被吉姆海淹没，死得很壮烈，所以在德克萨斯殖民地没他事了。
7.阿姆罗在德克萨斯殖民地打爆了木星归来的男人（一代目）驾驶的MA布劳布罗后被夏亚驾驶红勇士狂虐，深感高达跟不上他的反应，回去上磁气覆膜去了。夏亚打完了还跑去和妹妹聊天，被凯偷听到导致的塞拉身份暴露，而0079里是塞拉忘关通信才暴露的。另外GTO里夏亚没送妹妹金条，毕竟一个上校（大佐）能捞一箱金条太夸张了，只是给夏亚徒增污点而已。
8.在阿巴瓦库战役中，联邦军给白色要塞补充了两台吉姆，分给了塞拉和某金发美少年，塞拉驾驶的那台是带核心战机的装甲强化型。由于GTO钢坦克不适应宇宙战，隼人驾驶了另一台钢加农。塞拉驾驶吉姆打爆了弗拉那冈机关的新人类驾驶的MA布劳布罗，但没躲过敌机殉爆导致机体大破，驾驶核心战机脱出，开始了奇幻冒险。
9.由于塞拉没搅和阿姆罗和夏亚拉拉的决战，阿姆罗是一打二占上风差点要了夏亚的命的。
10.夏亚失去拉拉后直接跑基连房间（就是后来他和阿姆罗玩无重力击剑那间）向基连讨来了吉翁号，而且基连表示早已通过自己的情报网知道夏亚的真实身份，看来扎比家的人有一个算一个都是撒比。
11.联邦军月神二号要塞的提督华肯的死法改成了在阿巴瓦库战役中为掩护白色要塞登陆而硬刚从月球赶来包夹联邦军的基西莉亚的母舰多洛斯级空母，壮烈牺牲，比起原版在德克萨斯殖民卫星附近被一艘桑给巴尔级团灭的憋屈结局好多了。
12.塞拉进入阿巴瓦库后被吉翁军俘虏，公开了自己的真实身份，在一位兰巴•拉尔的老部下带领下发动兵变。基西莉亚枪毙亲哥后基西莉亚派、基连派和戴肯派三方混战乱成一团，帮了原本处于苦战中的联邦军大忙。叛军逼近指挥部，逼得基西莉亚仓皇出逃，然后夏亚一发RPG送扎比一家人齐齐整整。
三是删掉了大量支线情节，丰富了主线的细节。比如删掉了石头扎古、高达被装定时炸弹、阿姆罗单刷吉翁矿山基地等情节，增加了玛姬露达和白色要塞多位处男合影、夏亚为找地下水道拉拢南美土著、扎比家内斗、高达在装磁气覆膜时暴走、塞拉洗澡（黑白漫画没法确认颜色）等情节。
四是通过修改机设从而改变了具体的战斗细节。
高达外形细节变化，而且剧情上有两次改装，一是在贾布罗加装核心战机，二是星一号作战期间改用磁气覆膜驱动，每次外形都会微调，武装上删去了流星锤和光束矛，多了左肩机枪和腕部机枪，背包右侧可挂载加农炮，配件G野牛彻底成了黑历史。
由于联邦开发系谱上多了堆前置机型，钢坦克和钢加农机设调整，而且钢坦克宇宙适应性变低，宇宙战情节被砍（为此隼人还开了次铁球）。
最终决战增加了带核心战机的装甲强化吉姆，可以选择挂载双炮或者双导弹舱。
吉翁系早期开发系谱与MSV大相径庭（但是卖模型的时候却把很多MSV里的机体算进HGGTO了），MS的机设细节也丰富了不少。
吉翁号驾驶舱位于躯干上方靠近脖子的位置，被高达捅了躯干后头部和驾驶舱一起脱离，然后头部再与驾驶舱脱离遥控和高达对枪，算是填补了0079里吉翁号驾驶舱位置的bug。
