正如高赞回答那样，玻利瓦尔继承了其革命导师米兰达的理想，试图在南美甚至整个拉美建立起统一的、中央集权的、对标美国的大哥伦比亚政权。
很伟大的理想，很宏伟的计划，可惜玻利瓦尔在此有一点私心：这个统一的政权要以新格兰纳达与委内瑞拉为核心。这一点，从玻利维亚建国的选择可以清晰地看出来。
第一，上秘鲁地区的解放
1823年中，出自圣马丁系的圣克鲁斯率军攻入上秘鲁地区，并于8月解放其中心城市拉巴斯，上秘鲁地区的殖民军集结主力后反扑拉巴斯，于8月底被圣克鲁斯在塞皮塔彻底击败。圣克鲁斯因此在1824年被玻利瓦尔授予塞皮塔大元帅的荣誉称号。
圣克鲁斯随后发兵攻城掠地，很短时间内解放了大半个上秘鲁。但几乎与此同时，秘鲁方面出了问题。
1823年中，玻利瓦尔自秘鲁返回大哥伦比亚处理国务，由于没有明确指定其在秘鲁的临时职务代理者，仅仅留下三人组成的国务委员会来处理政务，而三位委员互相拆台。
此前圣马丁解放远征秘鲁时，仅仅解放了沿海地区，广大内陆地区仍在西班牙殖民军控制下，秘鲁国务委员会内斗之际，西班牙殖民军抓住机会大举反攻，秘鲁爱国军节节败退，同时向玻利瓦尔与圣克鲁斯求援。
当时的秘鲁是爱国军大本营，不容有失。圣克鲁斯1823年8月接到求援信，值得忍痛放弃上秘鲁，全军回援秘鲁，并于9月份到达利马。在此之前，玻利瓦尔与苏克雷已经先一步赶到并将战线稳定下来。
1824年9月。胡宁战役爆发，玻利瓦尔率领苏克雷、圣克鲁斯等将西班牙殖民军主力一举全歼，殖民军残部退往上秘鲁地区。
爱国军在苏克雷的率领下继续追击殖民军，最终于1824年12月在阿亚库乔地区将其彻底歼灭，苏克雷以此战功被授予阿亚库乔大元帅的荣誉称号。爱国军随即分兵出击，上秘鲁获得解放。
第二，上秘鲁的选择
1825年初，一个单择题摆在了上秘鲁人面前，这个单择题有三个选项：
A: 加入拉普拉塔联邦
B: 与秘鲁组成联邦
C: 独立建国
A选项：虽然殖民时期，统治上秘鲁的查尔卡斯王室法庭属于拉普拉塔总督区，接受拉普拉塔总督的指导。在拉普拉塔刚获得独立时。也确实多次派遣远征军进攻上秘鲁地区的殖民军，意图统一整个拉普拉塔总督区，可惜功败垂成。
但拉普拉斯已经独立多年，并入进去对上秘鲁没有丝毫好处，并且拉普拉斯联合省也时刻注视着上秘鲁。
B选项：B选项是当时爱国军与普通大众最倾向的，上下秘鲁本为一体，是旧印加帝国的基本盘。并且两国都已山地高原为主，玻利维亚矿产资源异常丰富，也需要秘鲁的港口转运。
其中一个重要的原因是，爱国军的很多高级将领都源于上下秘鲁，多年并肩作战给他们带来深厚的私人交情，两地山川相连。殖民时代民间与商人彼此之间交往也很深，
另外一个原因是，虽然主要城市都已获得解放。但在广大的乡村地区。西班牙殖民军还有不少的残余力量。上下秘鲁如果各自为战。容易被各个击破，而组成联邦，可以更好解决这个问题。
C选项：独立建国，这个选项的主要拥护者是上秘鲁地区的议会与没有参加独立战争的各个省份，独立建国的好处不言自明。
选项介绍完成，有能力又有权力最终做出选择的只有玻利瓦尔一个人。玻利瓦尔最初是倾向于选项B的。但不久后就转变了想法，原因大致有2个：
1，作为西班牙在南美洲的第一块殖民地，秘鲁本来就实力强劲，如果现在将上下秘鲁合并组成联邦，这个新生联邦的实力将会威胁到大哥伦比亚，毕竟大哥伦比亚是玻利瓦尔一刀一枪辛辛苦苦打下来的江山，自然是亲儿子，而秘鲁最多算是干儿子，况且以圣克鲁斯为代表的出自圣马丁系的南方爱国军也在上下秘鲁的解放战争中立有大功，总归不是自己人。
2，玻利瓦尔试图建立起整个南美大联合并建立起统一的中央集权的国家，这个想法遭到拉普拉塔联合省与智利的坚决反对，甚至不惜武力相向。拉普拉塔联合省是南方系爱国军的大本营，玻利瓦尔在此毫无影响力。并且拉普拉塔联合省一直对上秘鲁虎视眈眈，为避免直接对抗，有必要在拉普拉塔联合省与大哥伦比亚之间建立一个缓冲区，上秘鲁是最好的选择。
玻利瓦尔的计划是，上秘鲁地区独立建国，与秘鲁分开。等待时机成熟后，两国再分别并入大哥伦比亚。
但此时大部分的爱国军将领支持与秘鲁合并。玻利瓦尔也深知这一状况，为了让这些将军闭嘴，玻利瓦尔授意苏克雷绕过将军们，直接在丘基萨卡市召开上秘鲁地区议会并举行关于地区未来的投票，投票结果是：一票支持与拉普拉塔合并，两票支持与秘鲁组成联邦，剩余所有的议员都支持独立建国。
1825年8月6日，上秘鲁地区议会在丘基萨卡宣布独立建国，发表独立宣言，为了感谢玻利瓦尔并获得玻利瓦尔的支持，定国名为玻利维亚共和国。
一切看起来尘埃落定，但对玻利瓦尔的不满正在爱国军将军们心中扎根，而玻利瓦尔不久后就忙于弹压大哥伦比亚的独立势力，离开新生的玻利瓦尔共和国，并给接任总统的苏克雷留下一支控制局势的军队。
三，尾声
玻利瓦尔还是失算了，他是有能力控制局势。但他一离开，局势就马上恶化，大哥伦比亚如此。秘鲁如此，玻利维亚当然也如此。他离开后，玻利维亚日趋混乱，苏克雷明显没有控制局势的能力。一番斗争下来。苏克雷身心俱疲，于1828年辞职。
在秘鲁，拉马尔、加马拉、奥维戈索，……，在玻利维亚，圣克鲁斯、贝拉斯科、巴利维安，……，你方唱罢我登场，都在为统一上下秘鲁努力着。
