日本国驻重庆总领事馆是日本在重庆设立的外交机构，领区涵盖重庆市、四川省、贵州省、云南省 。其前身为1998年设立的日本驻华大使馆领事部驻重庆办公室，2005年1月1日正式升格为总领事馆 。现馆址位于重庆市渝中区民族路188号环球金融中心42层，于2019年10月1日迁入现址 。
该馆自设立以来致力于推动中日政治、经济、教育、文化等领域交流，举办过四川·重庆日语作文演讲大赛、中日防灾减灾线上研讨会等活动。2021年11月总领事高田真里到任 ，提出将参与助推成渝地区双城经济圈建设，并推进中日环保领域合作。2025年12月高田真里离任，其后总领事一职空缺，2026年8月西海茂洋以代理总领事身份到任 。2022年《区域全面经济伙伴关系协定》（RCEP）生效后，该馆认为该协定有助于促进中日市场开放 。
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